✔️ Equipements disponibles au sein du Réseau national des Centres de Recherche en Nutrition Humaine (CRNH):

• CRNH Auvergne: Plate-forme associée: Unité d'Eploration en Nutrition (UEN)

▶️ L'UEN gère des installations cliniques dédiés plus particulièrement aux études sur la nutrition humaine préventive chez l'homme sain et le sujet âgé. Ces installations comprennent 5 lits dont 2 sont destinés aux explorations les plus invasives ou nécessitant une surveillance spécifique.

▶️ L'UEN utilise des techniques et équipements associés pour:

• Composition corporelle par absorptiométrie biphotonique (*DEXA) et impédancemétrie
• Mesure de la dépense énergétique de repos par calorimétrie indirecte
• Mesure de la capacité à l'effort (cardiorespiratoire)
• Dépistage du syndrome d'apnée du sommeil par polygraphie ventilatoire nocturne
• Identification des syndromes génétiques associés à l'obésité en lien avec le Centre de Référence Maladies Rares (CRMR PRADORT)
• Cellularité du tissu adipeux
• Recueil des comportements (consommations et comportement alimentaire, activité physique,  etc..)

* DEXA: examen d'imagerie médicale non invasif et de très faible irradiation par absorptiométrie biphotonique pour une analyse précise des trois composants du corps entier : masse grasse, masse maigre et contenu minéral osseux

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• CRNH Ile de France:

▶️ Localisation multisites des équipements:

➰Site de l'Hôpital Avicenne et Sites de l'UMR1153 CRESS:

• Service de Gastroentérologie et Centre de Recherche sur Volontaires (Robert Benamouzig, Gheorghe Airinei)
• L'UMR1153 multi-tutelles CRESS (Directeur: Philippe Ravaud), représentée par l'Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (EREN) (Mathilde Touvier, Mélanie Deschasaux), et par l'Equipe de Recherche sur les Origines Précoces de la Santé (EARly life Origins of Health, EAROH) (Marie-Aline Charles, Blandine de Lauzon-Guillain)

➰ Site du Centre Universitaire des Saints-Pères (Paris) :

• Equipe MetaTox (Xavier Coumoul), UMR-S 1124 Toxicologie environnementale, cibles thérapeutiques, signalisation cellulaire et biomarqueurs (T3S) (INSERM, Université de Paris)

➰ Site AgroParis Tech/INRAE (Claude Bernard, Massy, Jouy) : 

• UMR914 Physiologie de la Nutrition et du Comportement Alimentaire (PNCA) (INRAE, AgroParis Tech, Université Paris-Saclay)
• Paris-Saclay Food and Bioproduct Engineering (SayFood) (INRAE, AgroParis Tech, Université Paris-Saclay)
• UMR MICALIS (INRAE, AgroParis Tech, Université Paris-Saclay)
• UR MétaGénoPolis (INRAE)

➰ Description du dispositif analytique:

• Investigation clinique et phénotypage de précision (comportement alimentaire, activité physique, métabolisme, fonction intestinale et microbiote)
• Explorations digestives : utilisation des sondes intestinales, technique spécifique au CRNH Ile de France
• Isotopes stables : marquage intrinsèque des protéines alimentaires au 15N, EH ou 13C ; plateau de spectrométrie de masse isotopique (1 GC-MS, 1 EA-IRMS, 2GC-c-IRMS)
• Larges cohortes nationales et internationales (SUVIMAX, NUTRINET, METACARDIS.. etc..
• Modèles animaux : Animalerie rongeurs, phénotypage comportemental et métabolique en réponse à des interventions nutritionnelles.
• Etudes économétriques, de psycho-sociologie et de neurosciences des choix alimentaires
• Exploration du métagénome (MétaGenoPolis) et transfert fécal
• Isolement de nouveaux micro-organismes d’origine humaine et développer des outils d’étude de probiotiques
• Bio-banques DNA, tissus
• Développement d’organoïdes

 

▶️ Autres équipements accessibles via le Centre de Recherche et de Médecine de l'Obésité:

➰ Installations dédiées aux analyses cliniques pratiquées en ambulatoire pour l'exploration nutritionnelle de l'obésité:

• Mesure de la dépense énergétique de repos par calorimétrie indirecte
• Composition corporelle par absorptiométrie biphotonique et impédance ou par plethysmographie *
• Dépistage du syndrome d'apnée du sommeil par Cidelec
• Identification des syndromes génétiques en lien avec le centre de maladie rare
• Cellularité du tissu adipeux
• Recueil des comportements (alimentaire, activité physique, stress, etc..)

* Plethysmographie: mesure de l'ensemble des volumes pulmonaires incluant le volume d'air restant dans les poumons après une expiration maximale (volume résiduel)

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• CRNH Ouest:

➰ Plateforme associée:

Plateforme M.shark  appartenant également à l'Unité de Service UMS BioCore  (Inserm US16 et UAR CNRS 3556), et rattachée à la plate-forme CORSAIRE de Biogenouest

➰ Pour mener à bien ses 5 objectifs de recherche (Nutrition périnatale et santé de l'adulte / Microbiote-Intestin-Cerveau en Santé / Alimentation lipidique et pathologies chroniques / Compréhension de la survenue des allergies / Nutrition-alimentation & Droit), le CRNH Ouest s'appuie sur les équipements de sa Plate-forme de spectrométrie de masse M.shark dotée des équipements suivants:

• 2 x GC-EI/CI-MS (Q)
• GC-C-EI-IRMS
• 2x UPLC-ESI-MS/MS (QqQ)
• UPC²-ESI-MS/MS (QqQ)
• UPLC-ESI-HRMS (Q-TOF)
• nanoLC-ESI-HRMS (Orbitrap)
• Ultracentrifugeuse

➰ Ces équipements de pointe permettent de réaliser les techniques suivantes dans différentes matrices (Sérum, plasma Tissus Urines Lait maternel Selles Cellules):

• Analyses non ciblées (lipidomique, métabolomique et protéomique)
• Analyses quantitatives ciblées (lipides et apolipoprotéines, acides aminés et protéines, acides organiques, sphingolipides permettant d’approcher la résistance à l’insuline, méthylamines et acides gras à chaine courte permettant d’approcher le microbiote intestinal , xénobiotiques...)
• Analyses cinétiques dans des protocoles impliquant l'utilisation de traceurs enrichis en isotopes stables (fluxomique protéines et métabolites)
• Analyses structurales et élémentaires (mesure de masses exactes)

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• CRNH Rhône-Alpes:

Plateformes associées: Centre d'exploration clinique / Centre d’analyse et spectrométrie de masse:

▶️ Installations accessibles via le Centre d'exploration clinique:

Infrastructure composée des pièces dédiées à l’exploration clinique, chacune équipée de matériels spécifiques à la recherche en nutrition, et animée par du personnel médical et paramédical formé à la nutrition et à la recherche clinique, et des attachés de recherche clinique :

• 3 Chambres test de jour 
• 2 Chambres hébergement avec salle de bain: Les chambres sont équipées pour mesure de calorimétrie indirecte et d'impédancemétrie
• 3 box d'examen
• 1 Pièce test avec 4 fauteuils de prélèvements
• 1 Salle de prélèvements avec 1 fauteuil
• 2 Laboratoires de conditionnement 
• 1 Box de test Bodpod (appareil de mesure de composition corporelle)
• 1 Restaurant expérimental avec caméras et cuisine
• 1 Salle de gym et 2 douches

▶️ Equipements accessibles via le Centre d’analyse par spectrométrie de masse:

➰  2 spectromètres de masse organiques couplés à la chromatographie en phase gazeuse (GC-MS, Agilent Technologies) avec 3 modes d’ionisation disponibles :

• ionisation par impact électronique
• Ionisation chimique positive
• ionisation chimique négative

Les 2 GC-MS sont équipés d’un système d’injection multimodes comprenant la micro-extraction sur phase solide (SPME, Gerstel & CTC Analytics), un GC-MS dispose également d’une interface de thermo-désorption (Markes).

➰  2 spectromètres de masse isotopiques (IRMS, Delta V Advantage, Thermo Scientific et Isoprime, Isoprime Ltd) avec des couplages différents :

• GC-Combustion
• GC-pyrolyse
• Thermal Conversion Elemental Analysis
• Gasbench  Equilibration & Breath tests

✔️ Equipements disponibles au sein de MétaGénoPolis:

▶️ Equipements de laboratoire pour la collecte, le stockage et la gestion de microbiomes

▶️ Outils de métagénomique quantitative pour le séquençage du génome entier:

• Pipeline intégré de séquençage à haut débit et de profils métagénomiques à haute résolution
• Outils de bioinformatique pour la détermination des gènes de base et des gènes accessoires des espèces microbiennes

▶️ Outils de métagénomique fonctionnelle pour le criblage à haut débit:

• Construction de librairies métagénomiques et réplication de librairies
• Culture automatisée de clones bactériens, suivie d’une lyse et d’une filtration
• Développement de nouveaux outils de criblage (technologie du gène rapporteur)
• Criblage à haut débit sur des cellules épithéliales humaines (luminescence (HTS), fluorescence (HCS), absorbance)
• Analyse par cytométrie de flux et tri des cellules